| 番号 | 山名 | 標高 | 山系 | 地方 | 都道府県 | 備考 |
| 1 | 利尻岳（りしりだけ） | 1,721m | 利尻島 | 北海道 | 北海道 | 利尻礼文サロベツ国立公園 |
| 2 | 羅臼岳（らうすだけ） | 1,660m | 知床半島 | 北海道 | 北海道 | 知床 (世界遺産)、知床国立公園 |
| 3 | 斜里岳（しゃりだけ） | 1,547m | 北海道 | 北海道 | 斜里岳道立自然公園 | |
| 4 | 阿寒岳（あかんだけ） | 1,499m | 独立峰 | 北海道 | 北海道 | 阿寒摩周国立公園 |
| 5 | 大雪山（たいせつざん） | 2,291m | 大雪山系 | 北海道 | 北海道 | 大雪山国立公園、北海道の最高峰 |
| 6 | トムラウシ山（とむらうしやま） | 2,141m | 北海道 | 北海道 | 大雪山国立公園 | |
| 7 | 十勝岳（とかちだけ） | 2,077m | 北海道 | 北海道 | 大雪山国立公園 | |
| 8 | 幌尻岳（ぽろしりだけ） | 2,052m | 日高山脈 | 北海道 | 北海道 | 日高山脈襟裳国定公園 |
| 9 | 後方羊蹄山（しりべしやま） | 1,898m | 独立峰 | 北海道 | 北海道 | 支笏洞爺国立公園、蝦夷富士 |
| 10 | 岩木山（いわきさん） | 1,625m | 独立峰 | 東北 | 青森県 | 津軽国定公園、津軽富士、 青森県の最高峰 |
| 11 | 八甲田山（はっこうださん） | 1,584m | 奥羽山脈 | 東北 | 青森県 | 十和田八幡平国立公園 |
| 12 | 八幡平（はちまんたい） | 1,614m | 東北 | 岩手県/秋田県 | 十和田八幡平国立公園 | |
| 13 | 岩手山（いわてさん） | 2,038m | 東北 | 岩手県 | 十和田八幡平国立公園、 岩手県の最高峰 | |
| 14 | 早池峰（はやちね） | 1,917m | 北上山地 | 東北 | 岩手県 | 早池峰国定公園 |
| 15 | 鳥海山（ちょうかいさん） | 2,236m | 出羽山地 | 東北 | 秋田県/山形県 | 鳥海国定公園、山形県の最高峰 |
| 16 | 月山（がっさん） | 1,984m | 東北 | 山形県 | 磐梯朝日国立公園 | |
| 17 | 朝日岳（あさひだけ） | 1,870m | 朝日山地 | 東北 | 山形県/新潟県 | 磐梯朝日国立公園 |
| 18 | 蔵王山（ざおうさん） | 1,841m | 奥羽山脈 | 東北 | 宮城県/山形県 | 蔵王国定公園、宮城県の最高峰 |
| 19 | 飯豊山（いいでさん） | 2,128m | 飯豊山地 | 東北 | 山形県/福島県/ 新潟県 | 磐梯朝日国立公園 |
| 20 | 吾妻山（あづまさん） | 2,035m | 奥羽山脈 | 東北 | 山形県/福島県 | 磐梯朝日国立公園 |
| 21 | 安達太良山（あだたらやま） | 1,709m | 東北 | 福島県 | 磐梯朝日国立公園 | |
| 22 | 磐梯山（ばんだいさん） | 1,816m | 東北 | 福島県 | 磐梯朝日国立公園 | |
| 23 | 会津駒ヶ岳（あいづこまがだけ） | 2,133m | 越後山脈 | 東北 | 福島県 | 尾瀬国立公園 |
| 24 | 那須岳（なすだけ） | 1,917m | 那須連山 | 東北 | 福島県/栃木県 | 日光国立公園 |
| 25 | 魚沼駒ヶ岳 （うおぬまこまがたけ） | 2,003m | 越後山脈 | 上信越 | 新潟県 | 越後三山只見国定公園 |
| 26 | 平ヶ岳（ひらがたけ） | 2,141m | 三国山脈 | 上信越 | 新潟県/群馬県 | 越後三山只見国定公園 |
| 27 | 巻機山（まきはたやま） | 1,967m | 上信越 | 新潟県/群馬県 | 魚沼連峰県立自然公園 | |
| 28 | 燧岳（ひうちだけ） | 2,356m | 越後山脈 | 東北・上信越 | 福島県 | 尾瀬国立公園、福島県の最高峰 |
| 29 | 至仏山（しぶつさん） | 2,228m | 関東 | 群馬県 | 尾瀬国立公園 | |
| 30 | 谷川岳（たにがわだけ） | 1,977m | 三国山脈 | 関東・上信越 | 新潟県/群馬県 | 上信越高原国立公園 |
| 31 | 雨飾山（あまかざりやま） | 1,963m | 頸城山塊 | 上信越 | 新潟県/長野県 | 妙高戸隠連山国立公園 |
| 32 | 苗場山（なえばさん） | 2,145m | 三国山脈 | 上信越 | 新潟県/長野県 | 上信越高原国立公園 |
| 33 | 妙高山（みょうこうさん） | 2,454m | 頸城山塊 | 上信越 | 新潟県 | 妙高戸隠連山国立公園 |
| 34 | 火打山（ひうちやま） | 2,462m | 上信越 | 新潟県 | 妙高戸隠連山国立公園 | |
| 35 | 高妻山（たかつまやま） | 2,353m | 戸隠連峰 | 上信越 | 新潟県/長野県 | 妙高戸隠連山国立公園 |
| 36 | 男体山（なんたいさん） | 2,486m | 日光連山 | 関東 | 栃木県 | 日光国立公園 |
| 37 | 奥白根山（おくしらねさん） | 2,578m | 関東 | 栃木県/群馬県 | 日光国立公園、 栃木県と群馬県の最高峰 | |
| 38 | 皇海山（すかいさん） | 2,144m | 足尾山地 | 関東 | 栃木県/群馬県 | 日光国立公園 |
| 39 | 武尊山（ほたかやま） | 2,158m | 越後山脈 | 関東 | 群馬県 | |
| 40 | 赤城山（あかぎやま） | 1,828m | 独立峰 | 関東 | 群馬県 | 県立赤城公園 |
| 41 | 草津白根山（くさつしらねさん） | 2,171m | 独立峰 | 関東 | 群馬県 | 上信越高原国立公園 |
| 42 | 四阿山（あずまやさん） | 2,354m | 菅平高原 | 関東 | 群馬県/長野県 | 上信越高原国立公園 |
| 43 | 浅間山（あさまやま） | 2,568m | 浅間山系 | 関東 | 群馬県/長野県 | 上信越高原国立公園 |
| 44 | 筑波山（つくばさん） | 877m | 八溝山地 | 関東 | 茨城県 | 水郷筑波国定公園 |
| 45 | 白馬岳（しろうまだけ） | 2,932m | 北アルプス 後立山連峰 | 中部 | 長野県/富山県 | 中部山岳国立公園 |
| 46 | 五竜岳（ごりゅうだけ） | 2,814m | 中部 | 長野県/富山県 | 中部山岳国立公園 | |
| 47 | 鹿島槍ヶ岳（かしまやりがだけ） | 2,889m | 中部 | 長野県/富山県 | 中部山岳国立公園 | |
| 48 | 剱岳（つるぎだけ） | 2,999m | 北アルプス 立山連峰 | 中部 | 富山県 | 中部山岳国立公園、氷河が現存 |
| 49 | 立山（たてやま） | 3,015m | 中部 | 富山県 | 中部山岳国立公園、氷河が現存、 富山県の最高峰 | |
| 50 | 薬師岳（やくしだけ） | 2,926m | 中部 | 富山県 | 中部山岳国立公園 | |
| 51 | 黒部五郎岳（くろべごろうだけ） | 2,840m | 中部 | 富山県/岐阜県 | 中部山岳国立公園 | |
| 52 | 黒岳（くろだけ、水晶岳） | 2,986m | 北アルプス 飛騨山脈 | 中部 | 富山県 | 中部山岳国立公園 |
| 53 | 鷲羽岳（わしばだけ） | 2,924m | 中部 | 長野県/富山県 | 中部山岳国立公園 | |
| 54 | 槍ヶ岳（やりがたけ） | 3,180m | 中部 | 長野県/岐阜県 | 中部山岳国立公園 | |
| 55 | 穂高岳（ほたかだけ、奥穂高岳） | 3,190m | 中部 | 長野県/岐阜県 | 中部山岳国立公園、 長野県と岐阜県の最高峰 | |
| 56 | 常念岳（じょうねんだけ） | 2,857m | 北アルプス 常念山脈 | 中部 | 長野県 | 中部山岳国立公園 |
| 57 | 笠ヶ岳（かさがだけ） | 2,897m | 北アルプス 飛騨山脈 | 中部 | 岐阜県 | 中部山岳国立公園 |
| 58 | 焼岳（やけだけ） | 2,455m | 中部 | 長野県/岐阜県 | 中部山岳国立公園 | |
| 59 | 乗鞍岳（のりくらだけ） | 3,026m | 中部 | 長野県/岐阜県 | 中部山岳国立公園 | |
| 60 | 御嶽山（おんたけさん） | 3,067m | 独立峰 | 中部 | 長野県/岐阜県 | 御岳県立公園（長野県）、 御嶽山県立自然公園（岐阜県） |
| 61 | 美ヶ原（うつくしがはら） | 2,034m | 中信高原 | 中部 | 長野県 | 八ヶ岳中信高原国定公園 |
| 62 | 霧ヶ峰（きりがみね） | 1,925m | 中部 | 長野県 | 八ヶ岳中信高原国定公園 | |
| 63 | 蓼科山（たてしなやま） | 2,530m | 八ヶ岳連峰 | 中部 | 長野県 | 八ヶ岳中信高原国定公園 |
| 64 | 八ヶ岳（やつがたけ、赤岳） | 2,899m | 中部 | 長野県/山梨県 | 八ヶ岳中信高原国定公園 | |
| 65 | 両神山（りょうかみさん） | 1,723m | 奥秩父山塊 | 関東 | 埼玉県 | 秩父多摩甲斐国立公園 |
| 66 | 雲取山（くもとりやま） | 2,017m | 関東 | 埼玉県/東京都/ 山梨県 | 秩父多摩甲斐国立公園、 東京都の最高峰 | |
| 67 | 甲武信岳（こぶしだけ） | 2,475m | 関東 | 埼玉県/山梨県/ 長野県 | 秩父多摩甲斐国立公園 | |
| 68 | 金峰山（きんぷさん） | 2,599m | 中部 | 長野県/山梨県 | 秩父多摩甲斐国立公園 | |
| 69 | 瑞牆山（みずがきやま） | 2,230m | 中部 | 山梨県 | 秩父多摩甲斐国立公園 | |
| 70 | 大菩薩岳（だいぼさつだけ） | 2,057m | 中部 | 山梨県 | 秩父多摩甲斐国立公園 | |
| 71 | 丹沢山（たんざわさん） | 1,673m | 丹沢山地 | 中部 | 神奈川県 | 丹沢大山国定公園 |
| 72 | 富士山（ふじさん） | 3,776m | 独立峰 | 中部 | 山梨県/静岡県 | 富士箱根伊豆国立公園、 山梨県と静岡県の最高峰 |
| 73 | 天城山（あまぎさん） | 1,405m | 伊豆半島 | 中部 | 静岡県 | 富士箱根伊豆国立公園 |
| 74 | 木曽駒ヶ岳（きそこまがたけ） | 2,956m | 中央アルプス （木曽山脈） | 中部 | 長野県 | 中央アルプス国定公園 |
| 75 | 空木岳（うつぎだけ） | 2,864m | 中部 | 長野県 | 中央アルプス国定公園 | |
| 76 | 恵那山（えなさん） | 2,191m | 中部 | 長野県/岐阜県 | 中央アルプス国定公園（長野県）、 胞山県立自然公園（岐阜県） | |
| 77 | 甲斐駒ヶ岳（かいこまがたけ） | 2,967m | 南アルプス （赤石山脈） | 中部 | 山梨県/長野県 | 南アルプス国立公園 |
| 78 | 仙丈ヶ岳（せんじょうだけ） | 3,033m | 中部 | 山梨県/長野県 | 南アルプス国立公園 | |
| 79 | 鳳凰山（ほうおうざん） | 2,840m | 中部 | 山梨県 | 南アルプス国立公園 | |
| 80 | 北岳（きただけ） | 3,193m | 中部 | 山梨県 | 南アルプス国立公園 | |
| 81 | 間ノ岳（あいのだけ） | 3,190m | 中部 | 山梨県/静岡県 | 南アルプス国立公園 | |
| 82 | 塩見岳（しおみだけ） | 3,052m | 中部 | 長野県/静岡県 | 南アルプス国立公園 | |
| 83 | 悪沢岳（わるさわだけ、荒川岳） | 3,141m | 中部 | 長野県/静岡県 | 南アルプス国立公園 | |
| 84 | 赤石岳（あかいしだけ） | 3,120m | 中部 | 長野県/静岡県 | 南アルプス国立公園 | |
| 85 | 聖岳（ひじりだけ） | 3,013m | 中部 | 長野県/静岡県 | 南アルプス国立公園 | |
| 86 | 光岳（てかりだけ） | 2,591m | 中部 | 長野県/静岡県 | 南アルプス国立公園 | |
| 87 | 白山（はくさん） | 2,702m | 両白山地 | 中部 | 岐阜県/石川県 | 白山国立公園 |
| 88 | 荒島岳（あらしまだけ） | 1,523m | 越美山地 | 中部 | 福井県 | 奥越高原県立自然公園 |
| 89 | 伊吹山（いぶきやま） | 1,377m | 伊吹山地 | 近畿 | 岐阜県/滋賀県 | 琵琶湖国定公園、滋賀県の最高峰 |
| 90 | 大台ヶ原山 （おおだいがはらやま） | 1,695m | 台高山脈 | 近畿 | 三重県/奈良県 | 吉野熊野国立公園、三重県の最高峰 |
| 91 | 大峰山（おおみねさん） | 1,915m | 紀伊山地 | 近畿 | 奈良県 | 吉野熊野国立公園、奈良県の最高峰 |
| 92 | 大山（だいせん） | 1,729m | 中国山地 | 中国（山陰） | 鳥取県 | 大山隠岐国立公園、鳥取県の最高峰 |
| 93 | 剣山（つるぎさん） | 1,955m | 四国山地 | 四国 | 徳島県 | 剣山国定公園、徳島県の最高峰 |
| 94 | 石鎚山（いしづちさん） | 1,982m | 四国 | 愛媛県 | 石鎚国定公園、愛媛県の最高峰 | |
| 95 | 九重山（くじゅうさん） | 1,791m | 九重火山群 | 九州 | 大分県 | 阿蘇くじゅう国立公園、 大分県の最高峰 |
| 96 | 祖母山（そぼさん） | 1,756m | 九州山地 | 九州 | 大分県/宮崎県 | 祖母傾国定公園、宮崎県の最高峰 |
| 97 | 阿蘇山（あそさん） | 1,592m | 阿蘇カルデラ | 九州 | 熊本県 | 阿蘇くじゅう国立公園 |
| 98 | 霧島山（きりしまやま） | 1,700m | えびの高原 | 九州 | 宮崎県/鹿児島県 | 霧島錦江湾国立公園 |
| 99 | 開聞岳（かいもんだけ） | 924m | 南薩火山群 | 九州 | 鹿児島県 | 霧島錦江湾国立公園 |
| 100 | 宮ノ浦岳（みやのうらだけ） | 1,936m | 屋久島 | 九州 | 鹿児島県 | 屋久島国立公園、鹿児島県の最高峰 |